骨科於1987年由外科獨立出來，主要處理人體骨骼、肌肉神經系統之疾病。本科自民國八十四年一月份起採行功能分科，骨科下設一般骨科、運動醫學科、脊椎外科、小兒骨科、手外科及創傷骨科，分別有教授及主治醫師負責該次專科的研究教學及服務。各負責醫師均學有專長，並在國外進修過，在其領域內堪稱具有中華民國骨科領導之地位。
本科對實習醫師之教育訓練視為最重要的工作之一，實習醫師在本科實習時分配有床位及病人照顧，在主治醫師及住院醫師的指導之下，需接病人入院，實行primary care，並參與骨科手術等。每位實習醫師於本科實習期間，另指派高年級住院醫師一名為其指導學長。本科另有動物實驗室、生化實驗室以及生物力學實驗室，可自由參加研究計劃。本科與國外著名大學均有良好交流，不時有國外專家來演講、手術示範或參觀，而且近年來在主任領導下，在國外著名雜誌上亦有許多重要論文發表，是本院最具潛力及發展最快速之學科。
1. 一般骨科
一般骨科是傳統的骨科精華，包括一般骨科疾病、關節炎及關節病變、骨腫瘤、全身性骨骼疾病、新陳代謝疾病、骨骼肌肉系統之感染等學問，也是骨科部次專科中最大的科；科內的各個領域，均有教師及主治醫師研究及發展，服務的病人也最多。由於國內老年人口之增加，退化性疾病也增加很多，所以人工關節置換術不僅在數量上更在品質上均有很大之進步；實習醫師在此次專科內應學習熟悉這些疾病的診斷、治療及處理原則。
2. 創傷骨科
因許多科技之進步，使四肢骨折在手術後很快地復原；實習醫師在此次專科內應學習石膏之使用法，各種骨折、脫臼的復位及處理原則。
3. 手足外科
手外科在美國成為專科已有將近二十年歷史，這是主要處理上肢問題之學問，人類文明均是由萬能的雙手所完成，而且手的構造特別複雜，不僅講求美觀，更重要的是手功能的重建。而且手部的檢查也有許多特別的地方，與其他骨科檢查不同，治療的原則及復健計劃均有其特殊之處。實習醫師可以學到手外科之基本檢查及處置方法。近年來足部外科有長足進步，因為足部與手之構造相近所以合併訓練；實習醫師可以學到手、足外科之基本檢查及處置方法。
4. 運動醫學科
運動醫學是骨科部新興的次專科學問。主要處理之問題為各種與運動有關的疾患，如各個關節韌帶之受傷、膝內障、肩關節之受傷以及關節鏡的使用，本科每週有三次運動傷害特別門診；平日手術案例也很多，並與復健部合作做運動員受傷後之復健，實習醫師在此次專科應可學到各種關節韌帶之特殊檢查以及手術方法、預後和復原計劃。
5. 脊椎外科
脊椎外科主要處理脊椎各種病變；包括脊椎間板突出、退化性脊椎病變、脊柱側彎、僵直性關節炎，脊椎腫瘤、脊椎創傷等疾患。解剖部位包括頸椎、胸椎、腰椎及薦椎。脊椎骨科有特殊的神經學檢查法及處理原則，病患也很多，日常手術之病例極多，並開有脊椎特別門診；實習醫師在此次專科可以學習到脊椎骨科之特點；並參與手術以及實際病人之照顧。
6. 小兒骨科
小兒骨科是骨科次專科之一，事實上拉丁文對骨科之定義為矯正小兒骨骼之學問，所以小兒骨科是骨科之基礎。這是以年齡分層來治療骨科特殊病患，小兒骨科有其特殊病例，例如先天性疾患包括先天性髖關節脫臼，先天性腳畸形，各種代謝性疾患。其次為生長過程發生的疾病，如長短腿之矯正等以及小孩子的骨折、發炎等等。實習醫師可以體會小兒骨科之特點，以及特別的檢查及處理原則。